جهت رعایت مسایل امنیتی در سرورها می توان مشخص نمود که به هر فایل یا پوشه چه نوع کاربرانی دسترسی داشته باشند. این مطلب که عمدتاً با نام سطح دسترسی یا Permission شناخته می شود توسط نرم افزارهای کار با FTP قابل تنظیم است.
پس از آنکه به هاست موردنظر متصل شدید کافیست بر روی فایل یا پوشه موردنظر کلیک نموده و گزینه مربوط به Permission را بزنید (بسته به نرم افزاری که استفاده می کنید یا دکمه ای با این عنوان وجود دارد و یا اینکه باید بر روی فایل یا پوشه موردنظر کلیک راست نموده و گزینه Properties را انتاخب نمایید). پنجره ای ظاهر می شود که عموماً در آن 9 عدد checkbox برای تیک زدن و یک قسمت برای عددی سه رقمی وجود دارد. می توانید با تنظیم تیک ها و یا درج مستقیم عدد مربوط به سطح دسترسی حالات مختلف را برای کاربران مختلف تعیین نمایید. بالاترین سطح دسترسی عدد 777 می باشد که همه قابلیتهای مختلف اعم از read و write و execute را باز می نماید. تنظیم سطح دسترسی مناسب اهیمت زیادی در مباحث امنیتی دارد.